A menos que las cartas sean extremadamente raras, sus probabilidades son mejores de reemplazar la carta de una fuente usada (sitios de subastas, sitios de comercio de juegos específicos) que de quitar la tinta sin dañar más la carta.
FWIW, las fundas que muchos jugadores de juegos de cartas coleccionables usan para proteger sus cartas generalmente tienen los lados traseros opacos (coloreados o estampados), por lo que las marcas en las cartas estarán ocultas si las enfunda. Esto es suficiente para evitar disputas por “cartas marcadas” durante el juego.
Si estás tratando de preservar/restaurar el valor de las cartas más raras (para venderlas o cambiarlas), es mejor que no intentes quitar la tinta de la punta de la bola. Las tintas para bolígrafos tienen una base de aceite, por lo que pueden ser eliminadas por disolventes no polares como la nafta… pero el problema es que las tintas de impresión utilizadas para crear las cartas originalmente también tienen una base de aceite y se desprenderán o se untarán con los mismos disolventes. Es muy improbable que puedas eliminar químicamente las marcas de tinta sin destruir la impresión de la tarjeta. El valor es degradado por las marcas, sin duda, pero esa reducción es seguramente menor que la que resultaría de un daño masivo al patrón de fondo impreso al usar un solvente que removerá la tinta del bolígrafo.
Los métodos mecánicos comparten un punto en común: dejarán blanco donde las marcas son removidas; no ganarán nada (en relación al valor de la tarjeta) por dejar las marcas como están. Yo recomendaría aceptar el hecho de que una mala decisión de escribir en las cartas (probablemente cuando eras bastante joven, ¿verdad?) te ha costado valor, y conténtate con lo que puedes conseguir por las cartas marcadas.